Al parecer, desde tiempos remotos ya existía en este lugar un pequeño templo dedicado al dios alfarero Jnum, pero es con las últimas dinastías, e incluso con la dominación romana, cuando este sitio es renovado y consagrado a la diosa Isis, logrando su máximo esplendor.Fue el ultimo templo pagano que se construyó y el único que mantuvo el antiguo culto de los tiempos faraónicos, cuando el cristianismo era ya la religión oficial de todo el Imperio Romano y el emperador Justiniano había ordenado suprimir el culto a dioses paganos.
Incluso en tiempos de las cruzadas se seguía profesando en este lugar el culto original a los dioses egipcios. Cuenta la leyenda que Caballeros Templarios navegaron el Nilo en una de sus incursiones por el país y alcanzaron la isla de Philae. Seducidos por la hermosura del lugar, por la paz y la espiritualidad que emanaba, y por la belleza del culto a la diosa Isis, decidieron camuflar a la diosa madre Isis bajo la imagen de una "virgen negra", para trasladar su devoción a occidente, dando origen al culto a las Vírgenes negras que se repite por toda Europa, como la Mureneta de Montserrat o la Virgen de Czestochowa, en Polonia.
Todavía hoy en día, una vez al año un grupo de iluminados procedentes de distintos países se reúnen en Philae y realizan sus ofrendas a los dioses siguiendo antiguos rituales









